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　　《溫疫論》是吳有性唯一一部傳世之作。共二卷。卷一載論文五十篇，主要闡發(fā)溫疫之病因、病機、證候、治療，并從中參論溫疫與傷寒的區(qū)別。卷二載論文三十篇，著重敘述溫疫的各種兼挾證治，還設(shè)立了多篇有關(guān)溫疫的質(zhì)疑正誤及疫癘證治的辨論文章。

　　《溫疫論》一書提出了當時對傳染病的稱呼“疫病”的病因是“非其時而有其氣”?！稖匾哒摗氛J為傷寒等病是由于感受天地之常氣而致病，而“疫病”則是“感天地之疫氣”致病。《溫疫論》將“瘟疫”與其他熱性病區(qū)別開來，從而使傳染病病因突破了前人“六氣學說”的束縛?！稖匾哒摗吩谥袊谝淮谓⒘艘詸C體抗病功能不良，感染戾氣為發(fā)病原因的新論點。

　　《溫疫論》指出“戾氣”的傳染途徑是通過空氣與接觸，由口鼻進入而致病?！稖匾哒摗分羞€指出戾氣有特異性，只有某一特異的戾氣才引起相應的傳染病。該書還認為療瘡、發(fā)背等外科病是由于雜氣感染，而不是由于“火”?！稖匾哒摗肥状伟淹饪聘腥疽卟∨c傳染病的病因劃入同一范疇。

　　《溫疫論》也十分重視機體抵抗力的重要性。該書認為：“木氣充滿，邪不可入”，機體抵抗力強，則雖有接觸傳染的可能，但不大會發(fā)病。假如“本氣適逢虧欠，呼吸之間，外邪因而乘之”，機體抵抗力減低，又受到傳染，則可以發(fā)病。

　　《溫疫論》還提出了傳染病的傳染途徑是“有天受，有傳染”?！疤焓堋本褪强諝鈧魅?，“傳染”就是接觸傳染。所以書中注明“凡人口鼻通乎天氣”，“呼吸之間，外邪因而乘之”。《溫疫論》認為傳染病流行形式可以是大流行，也可以是散發(fā)的。

　　《溫疫論》在傳染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量論述都十分科學。尤其在17世紀中葉細菌學出現(xiàn)之前，《溫疫論》提出了：“夫溫疫之為病，非風非寒，非暑非濕，乃天氣間別有一種異氣所感”，這種異氣即“戾氣”。這種學說是十分先進的。《溫疫論》對溫疫的免疫性的論述也確是十分令人敬佩。書中說：“至于無形之氣，偏中于動物者，如牛瘟、羊瘟、雞瘟;鴨瘟，豈但人疫而已哉?然牛病而羊不病，雞病而鴨不病，人病而禽獸不病，究其所傷不同，因其氣各異。”真是一段絕妙的闡述。

　　《溫度論》記載了不少治療傳染病的新方法。如書中認為傳染病初起宜用達原飲，等到病深;些，即所謂“邪毒犯育”時，即不厭“急證急攻”。這些方法都為后世傳染病的治療奠定了基礎(chǔ)。

　　《溫疫論》對后世的影響很大，清代一些著名醫(yī)家如戴北山、楊栗山、劉松峰、葉天士、吳鞠通等，都或多或少地在《溫疫論》的基礎(chǔ)上有所發(fā)揮，有所創(chuàng)造。我國歷代醫(yī)家在與傳染病斗爭的實踐中創(chuàng)造了溫病學說。溫病學說，淵源于《內(nèi)經(jīng)》，孕育于《傷寒論》，產(chǎn)生于金元，成熟于明清。

　　在溫病學說的發(fā)展過程中，《溫疫論》作為我國第一部治療傳染病的專著的貢獻是很大的。直至今天，中國應用溫病學說的理、法、方、藥治療一些傳染病，如流行性乙型腦炎、流行冒、麻疹、猩紅熱、痢疾等，取得了很高的療效。而其中很多地方就是繼承和發(fā)揚了《溫疫論》的理論和經(jīng)驗。

　　當然吳有性同歷史上所有的偉大醫(yī)學家一樣，都有不能超越時代的局限性，如他雖發(fā)明了“戾氣”學說之千古絕唱，把致疫因子的基本特征和致病特點做了許多正確描述，但并非真正意義上的微生物科學，只能是一種科學假說;他提出尋找針對性藥物，通篇體現(xiàn)的仍然是以攻下祛邪為主體的辨證論治，故也只能是一種啟示后人的理想，這些都是不應苛求的。

　　書中還誤將鶴膝風、老年中風等非傳染性疾病也歸入疫病范疇。雖提出反對妄投寒涼的正確主張，但對黃連只能清“本熱”，不能清“邪熱”，反對用黃連治疫的認識則欠確當。

　　認為“溫病”、“溫疫”、“瘟疫”三者無區(qū)別的“正名”也是不恰當?shù)?，溫病與溫疫有廣義和狹義之別，溫病包括溫疫，溫疫只是溫病的一種。吳氏對疫病的治療方法尚欠豐富，尤其對預防措施論及甚少。

　　盡管吳氏有些錯誤論點、偏見和缺憾，但瑕不掩瑜，吳氏以他的醫(yī)學實踐和聰明才智、創(chuàng)新精神，在中國醫(yī)學乃至世界醫(yī)學發(fā)展史上，留下了極為重要不可磨滅的光輝篇章。