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                  RNA測序
                  
          
                  
            
                2020-10-16
            
            
                  出處：族譜網(wǎng)
                  
            
                  作者：阿族小譜
                  
            
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                  介紹相較于一個靜態(tài)的染色體而言，細胞內(nèi)的轉(zhuǎn)錄物組是一個處于不斷變化的動態(tài)過程。隨著現(xiàn)在的下一代基因測序（NGS）技術(shù)的發(fā)展，使得可測得的DNA堿基覆蓋面增加且樣本輸出的吞吐量增大。有助于對細胞內(nèi)RNA轉(zhuǎn)錄物進行測序，提供包括選擇性剪接的轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后的改變、基因融合、突變/SNPs以及基因表達量改變等細節(jié)。，RNA測序不僅能檢測mRNA的轉(zhuǎn)錄，還能觀測到包括包括總RNA和小RNA（miRNA、tRNA和核糖體RNA）在內(nèi)不同尺度的RNA表達譜。RNA測序還能用來確定外顯子/內(nèi)含子的邊界，修正之前注釋的5"和3"端基因邊界。未來的RNA測序研究還包括觀察感染時細胞傳導路徑的變化和癌癥中不同基因表達程度。下一代基因測序之前，對轉(zhuǎn)錄物組學和基因表達的研究主要基于基因表達芯片(微陣列)，后者包含數(shù)以千計用于探測靶向序列的DNA探針，可以得到所有表達出轉(zhuǎn)錄物的表達譜?；虮磉_芯片之后，基因表達的系列分
                  
            
                  
            
            
                  介紹
                   

                  相較于一個靜態(tài)的染色體而言，細胞內(nèi)的轉(zhuǎn)錄物組是一個處于不斷變化的動態(tài)過程。隨著現(xiàn)在的下一代基因測序（NGS）技術(shù)的發(fā)展，使得可測得的DNA堿基覆蓋面增加且樣本輸出的吞吐量增大。有助于對細胞內(nèi)RNA轉(zhuǎn)錄物進行測序，提供包括選擇性剪接的轉(zhuǎn)錄、轉(zhuǎn)錄后的改變、基因融合、突變/Ss以及基因表達量改變等細節(jié)。，RNA測序不僅能檢測mRNA的轉(zhuǎn)錄，還能觀測到包括包括總RNA和小RNA（miRNA、tRNA和核糖體RNA）在內(nèi)不同尺度的RNA表達譜。RNA測序還能用來確定外顯子/內(nèi)含子的邊界，修正之前注釋的5"和3"端基因邊界。未來的RNA測序研究還包括觀察感染時細胞傳導路徑的變化和癌癥中不同基因表達程度。下一代基因測序之前，對轉(zhuǎn)錄物組學和基因表達的研究主要基于基因表達芯片(微陣列)，后者包含數(shù)以千計用于探測靶向序列的DNA探針，可以得到所有表達出轉(zhuǎn)錄物的表達譜?；虮磉_芯片之后，基因表達的系列分析（英語：Serial analysis of gene expression）（SAGE）是主要的基因分析技術(shù)。
                   

                  相對于RNA測序，基因表達芯片(微陣列)測序結(jié)果的覆蓋面很窄，只能覆蓋染色體中1千多萬S中的常見等位基因的S（50萬到200萬）。因此，現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫中一般沒有罕見等位基因的測序結(jié)果，而只有常見的S的數(shù)據(jù)，這對研究者來說是一個重大缺陷。很多癌癥源于突變概率小于1%的突變，因而很難被檢測出。但是，基因表達芯片(微陣列)測序在已知的等位基因檢測中仍很重要，使它們非常適合監(jiān)管機構(gòu)批準的診斷，如囊性纖維化。

                  免責聲明：以上內(nèi)容版權(quán)歸原作者所有，如有侵犯您的原創(chuàng)版權(quán)請告知，我們將盡快刪除相關(guān)內(nèi)容。感謝每一位辛勤著寫的作者，感謝每一位的分享。
                  
            
                  ——— 沒有了 ———
                  
            
          
                  

          
                  
            
          
                  
          
                  編輯：阿族小譜
                  
        
                  
        
        
                  
          
                  

    
                  
        
    
                  
    

                  
        
                  
        
        
        




























      
                  

      
      
      
                  

      
      
                  
        
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                  · 桑格測序
                  
            
                  
              
              
                  原理雙脫氧鏈終止法采用DNA復制原理。Sanger測序反應(yīng)體系中包括目標DNA片斷、脫氧三磷酸核苷酸（dNTP）、雙脫氧三磷酸核苷酸（ddNTP）、測序引物及DNA聚合酶等。測序反應(yīng)的核心就是其使用的ddNTP：由于缺少3"-OH基團，不具有與另一個dNTP連接形成磷酸二酯鍵的能力，這些ddNTP可用來中止DNA鏈的延伸。此外，這些ddNTP上連接有放射性同位素或熒光標記基團，因此可以被自動化的儀器或凝膠成像系統(tǒng)所檢測到。測序反應(yīng)過程早期基于Sanger法的測序設(shè)置了四個平行的測序反應(yīng)，每一個反應(yīng)中分別包括目標片段、DNA聚合酶、測序引物、四種dNTP和一種特定類型螢光（或放射性同位素）標記的ddNTP（即不同的反應(yīng)中分別為ddATP、ddGTP、ddCTP及ddTTP）。透過這樣的配置，在不同的反應(yīng)中DNA鏈將會分別在A、G、C及T位中止，并形成不同長度的DNA片斷。這些片斷隨后可被凝膠...
                  
            
                  
                            
            
                  · RNA剪接
                  
            
                  
              
              
                  剪接途徑RNA剪接可以有多種的方式。剪接的型式以內(nèi)含子的結(jié)構(gòu)及剪接所需的剪接因子而定。此外，RNA剪接還分為分子內(nèi)(intramolecular)剪接(cissplicing)以及分子間(intermolecular)剪接(transsplicing)。但不論哪一種途徑，移除的內(nèi)含子都會被拋棄。剪接體內(nèi)含子經(jīng)常存在于真核生物的蛋白質(zhì)編碼基因(codinggene)中。在內(nèi)含子里，需要有5"剪接位點(5"splicesite)、3"剪接位點(3"splicesite)及剪接分枝位點(branchpoint)來進行剪接。剪接是由剪接體（Spliceosome）來催化，它是以五個不同的小核核糖核酸(snRNs)以及不下于一百個蛋白質(zhì)所組成的大型核糖核酸蛋白質(zhì)復合物，稱為小核核糖蛋白(snRNP)。snRNP的RNA會與內(nèi)含子行雜交反應(yīng)(hybridization)，并且參與剪接的催化反應(yīng)。自剪接
                  
            
                  
                            
            
                  · RNA聚合酶
                  
            
                  
              
              
                  控制轉(zhuǎn)錄人類RNA聚合酶I、Ⅱ及Ⅲ的必要亞基控制轉(zhuǎn)錄過程會影響基因表達的模式，并從而容許細胞適應(yīng)不同的環(huán)境、執(zhí)行生物內(nèi)獨特的角色及維持生存所需的代謝過程。所以，RNA聚合酶是活動不單是復雜，而且是有高度規(guī)律的。在大腸桿菌中，已確認超過100個因子可以修飾RNA聚合酶的活動。RNA聚合酶可以在特定的DNA序列，稱為啟動子發(fā)動轉(zhuǎn)錄。它繼而產(chǎn)生RNA鏈以補足DNA的模板股。并會加入核苷酸至RNA股，這個過程稱為“延伸”。在真核生物的RNA聚合酶可以建立一條長達240萬個核苷的鏈（等同于肌萎縮蛋白基因的總長度）。RNA聚合酶會優(yōu)先在基因末端已編碼的DNA序列（稱為終結(jié)子）釋放它的RNA轉(zhuǎn)錄本。核糖體會把一些RNA分子會作為蛋白質(zhì)生物合成的模板。其他會折疊成核酶或轉(zhuǎn)運RNA（tRNA）分子。第三種可能性是RNA分子會單純地用作控制調(diào)節(jié)將來的基因表達。（參考小干擾性RNA）RNA聚合酶完成一個全新的合...
                  
            
                  
                            
        
                  
      
                  
      
      
      
      
      
      
                  
        
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