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現(xiàn)代發(fā)展

盡管林奈當(dāng)時(shí)對(duì)生物分類(lèi)只是為了方便鑒別，現(xiàn)在人們已經(jīng)廣泛贊同分類(lèi)應(yīng)反映出達(dá)爾文關(guān)于共同祖先的原則。

隨著1960年代支序分類(lèi)（cladistics）或稱(chēng)分支學(xué)說(shuō)（cladism）的出現(xiàn)，一個(gè)分類(lèi)單元被定位在演化樹(shù)的某個(gè)位置。如果一個(gè)分類(lèi)單元包括且僅包括某一個(gè)共同祖先的所有后代，稱(chēng)其為單系群（monophyly）；相對(duì)應(yīng)的，若該單元包括其共同祖先，但未包括其所有后代，則稱(chēng)之為并系群（paraphyly）；若該分類(lèi)不包括其最近共同祖先，則稱(chēng)之為復(fù)系群（polyphyly）。根據(jù)分支學(xué)說(shuō)，一個(gè)自然分類(lèi)應(yīng)該是單系群而非并系或復(fù)系。

目前正在計(jì)劃一種新的命名法，稱(chēng)做PhyloCode，用來(lái)處理演化支（clade）而非分類(lèi)單元（拉丁文taxon，復(fù)數(shù)taxa）?，F(xiàn)在仍不清楚，這種新的命名法能否和其它的命名法則并存。

比較新的分類(lèi)法中，域或稱(chēng)總界是最高的單元。三域系統(tǒng)最初被創(chuàng)立于1990年，此后逐漸被學(xué)界承認(rèn)。目前，大多數(shù)學(xué)者已經(jīng)接受了此系統(tǒng)，但仍有一些學(xué)者遵循五界系統(tǒng)。三域系統(tǒng)的基本特征是將原本在細(xì)菌界（或稱(chēng)原核生物界(Monera)）中的古細(xì)菌和真細(xì)菌獨(dú)立成細(xì)菌域(Bacteria)和古菌域(Archaea)。還有一些學(xué)者將古細(xì)菌列為第六個(gè)界但不接受三域系統(tǒng)。

1925年 édouard Chatton （ 英語(yǔ) ： édouard Chatton ） 以“王國(guó)(界)之上是帝國(guó)”，借用政治和歷史上的概念，創(chuàng)立 “帝國(guó)” 的最大分類(lèi)單位，把所有生物細(xì)胞有無(wú)核，分為真核生物和原核生物兩帝國(guó)。

早期分類(lèi)系統(tǒng)

最早已知的對(duì)生命形式的分類(lèi)系統(tǒng)由希臘哲學(xué)家亞里士多德所建立。他將動(dòng)物根據(jù)運(yùn)動(dòng)方式（空中，陸上或水中）分類(lèi)。1172年塞維利亞的法官伊本·路世德（ibn Rushd，即阿維羅伊Averroes）將亞里士多德的《論靈魂》（拉丁文 de Anima ）翻譯成阿拉伯文并刪節(jié)。其原始注解已佚，但由斯考特（Michael Scot）翻譯的拉丁文版本仍流傳。

在中國(guó)，明代李時(shí)珍（約1518–1593）在藥典《本草綱目》中，將生物藥材分為草部、谷部、菜部、果部、木部、蟲(chóng)部、鱗部、介部、禽部、獸部和人部。瑞士教授康拉德·格斯納（Conrad Gesner, 1516–1565）將當(dāng)時(shí)已知的生物進(jìn)行了分析性的歸納。

新大陸的發(fā)現(xiàn)為歐洲帶來(lái)了很多新奇的動(dòng)物種類(lèi)的描述和標(biāo)本。在16世紀(jì)晚期和17世紀(jì)早期，人們開(kāi)始對(duì)動(dòng)物進(jìn)行了詳細(xì)描述，先是人們熟悉的種類(lèi)，隨后逐漸擴(kuò)展，直到形成了基于解剖學(xué)基礎(chǔ)的足夠大的知識(shí)體系。這些解剖學(xué)知識(shí)主要來(lái)源于醫(yī)學(xué)解剖學(xué)家，隨后昆蟲(chóng)學(xué)家和最初的顯微鏡學(xué)者將分類(lèi)的范圍進(jìn)一步擴(kuò)大。

林奈氏分類(lèi)法

卡爾·林奈（Carolus Linnaeus, 1707–1778）的巨著《自然系統(tǒng)》（拉丁文 Systema Naturae ）在其一生中被改編過(guò)12次（1735年第一版）。在此書(shū)中，自然界被劃分為三個(gè)界：礦物、植物和動(dòng)物。林奈用了四個(gè)分類(lèi)等級(jí)：綱、目、屬和種。

林奈所建立了用于命名所有物種的學(xué)名的方法，并沿用至今。在林奈之前，命名一個(gè)物種需要很長(zhǎng)的包括許多單詞的名稱(chēng)，其中包括了對(duì)物種的描述，并且這些名稱(chēng)不固定。林奈將物種名稱(chēng)統(tǒng)一成兩個(gè)單詞的拉丁文名稱(chēng)，即學(xué)名，由此分開(kāi)了命名法和分類(lèi)法。這種生物命名的方法稱(chēng)作雙名法，具體命名辦法和書(shū)寫(xiě)規(guī)則參見(jiàn) 雙名法 條目。

目前，命名法由命名法規(guī)（Nomenclature Codes）所管理。命名包括了不同等級(jí)的分類(lèi)單元的名稱(chēng)。

盡管在漢語(yǔ)中，各物種及分類(lèi)單元有對(duì)應(yīng)的漢語(yǔ)名稱(chēng)，但在學(xué)術(shù)上為了方便交流和避免一物多名或一名多物的問(wèn)題發(fā)生，所有國(guó)家仍通用拉丁語(yǔ)的命名法，物種的 學(xué)名 也專(zhuān)指雙名法的名稱(chēng)。拉丁語(yǔ)的好處在于，它基本已經(jīng)是一種“死語(yǔ)”，不再用作口語(yǔ)，因此相對(duì)穩(wěn)定。

舉例

常見(jiàn)的五種細(xì)胞生物（果蠅、人、豌豆、釀酒酵母和大腸桿菌）的名稱(chēng)和分類(lèi)如下：

注：

表中很多分類(lèi)尚有分歧，除細(xì)菌參照伯杰氏手冊(cè)的分類(lèi)大綱外，其余按照傳統(tǒng)分類(lèi)，未有統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，謹(jǐn)作參考。

植物學(xué)和微生物學(xué)家用系統(tǒng)方法對(duì)較高級(jí)的分類(lèi)單元命名，即用拉丁文中模式屬（type genus）屬名的詞干加上標(biāo)準(zhǔn)的詞尾來(lái)命名這個(gè)單元（見(jiàn)下表）。例如，薔薇科的“科長(zhǎng)”（即模式屬）是薔薇屬( Rosa )，其詞干為“Ros-”，則薔薇科的拉丁名即為“Ros-”加上植物的科的后綴“-aceae”成為“Rosaceae”。中文的大多數(shù)分類(lèi)單元也是類(lèi)似用法，但：

動(dòng)物學(xué)家通常只將類(lèi)似命名法命名至科（包括總科）這一級(jí)，以上則多用描述法。

分類(lèi)級(jí)別

為了更細(xì)致的分類(lèi)，學(xué)者們?cè)陂T(mén)、綱、目、科、屬、種之外加了很多附屬級(jí)別。最常用的是“亞-”(sub-)，在正常級(jí)別之下，如“亞綱”、“亞科”等等。在正常級(jí)別之上則為“總-”(super-)，如“總目”。比“亞”更小的還有“下-”，或譯作“次-”(infra-)。但下目仍然要比總科大。此外，對(duì)于植物，在科和屬之間還有“族”(拉tribus, tribi，英tribe)，屬之下還有“組”(拉sectio, sectiones，英section)，再往下還能有“系”(拉、英series, series)。比較完整的種之上的分類(lèi)單元的次序?yàn)椋ūM管目前大概沒(méi)有能把這些等級(jí)都用全的分類(lèi)系統(tǒng)）：

在種之下，動(dòng)植物還能分成“亞種”(subspecies，簡(jiǎn)寫(xiě)subsp.)和“變種”(拉varietas, varietates，英variety，簡(jiǎn)寫(xiě)var.)，植物還能加上栽培種名。比如現(xiàn)代智人的學(xué)名為 Homo sapiens subsp. sapiens ，或者也可以直接省掉亞種簡(jiǎn)寫(xiě)直接寫(xiě)成 Homo sapiens sapiens 。一種豌豆的變種的栽培種可寫(xiě)成 Pisum sativum var. macrocarpon "Snowbird"。對(duì)于細(xì)菌和古菌，在種之下則用“株”(英strain)，如一株可以引起食物中毒的大腸桿菌菌株 Escherichia coli O157:H7。注意只有屬之下的單位（包括亞種、變種）名用斜體，而屬級(jí)之上的單位、級(jí)別縮寫(xiě)、栽培種名和菌株名用正體。

病毒與朊毒體(Prion)尚未有明確的分類(lèi)。

注意：中文中任何分類(lèi)單元均不使用斜體。

動(dòng)物的分類(lèi)級(jí)別

界 Kingdom Animalia

總門(mén)、超門(mén) Superphylum

總綱 Superclass

總部 Superlegion

總?cè)?Supercohort

宏目 Gigaorder

宏科 Gigafamily

總族 Supertribe

屬 Genus

節(jié) Section

種團(tuán) Superspecies or Species-group

以下的分類(lèi)級(jí)別可用于綱之下、目之下、或科之下。常見(jiàn)于恐龍的分類(lèi)。

Superdivision

屬以上級(jí)別學(xué)名之后綴

在屬以上級(jí)別的分類(lèi)單元的學(xué)名通常由模式屬的詞干加上一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的后綴所構(gòu)成。后綴的選擇取決于分類(lèi)單元傳統(tǒng)上所在的大類(lèi)別，如下表所示：

注意：

拉丁文的詞干可能并不能從主格的詞直接推斷出來(lái)，比如 Homo （人屬）的詞根為homin-，而非hom-，因此人科不是Homidae而是Hominidae。

對(duì)于動(dòng)物，標(biāo)準(zhǔn)的詞尾只上推到總目（《國(guó)際動(dòng)物命名法規(guī)》(ICZN)中的27.2）。

對(duì)于原核生物，標(biāo)準(zhǔn)詞尾上推到目（目前總目等級(jí)沒(méi)有應(yīng)用），詞尾同植物、藻類(lèi)、真菌。

參見(jiàn)

生物分類(lèi)學(xué)

雙名法

三名法

林奈氏分類(lèi)系統(tǒng)

國(guó)際植物命名法規(guī)（自2012年已更名作：《國(guó)際藻類(lèi)、真菌、植物命名法規(guī)》）

國(guó)際動(dòng)物命名法規(guī)

國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)

國(guó)際病毒命名和分類(lèi)法規(guī)

生物分類(lèi)總表

系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)

種系發(fā)生

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