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分類

歷史上，許多囊泡藻界生物被認(rèn)為是植物，因?yàn)樗鼈兙哂屑?xì)胞壁，具有光能合成的能力，很多情況下其形態(tài)類似于陸生植物. 但是當(dāng)“五界說”（動(dòng)物界、植物界、真菌界、原生生物界、原核生物界）流行起來之后，大多數(shù)囊泡藻類的生物都被分入原生生物界，水霉(water mold) 與網(wǎng)粘菌 (labyrinthulids, or slime nets)被列入了真菌界，褐藻仍保持在植物界。

2005年, 作為原生生物學(xué)的當(dāng)時(shí)共識(shí)，囊泡藻界被列為真核生物的六個(gè)界之一 。不過尚未正式定為界層級(jí)。含以下四大分類群：

定鞭藻門(Haptophyta)

隱藻門(Cryptophyta)

不等鞭毛門(Heterokontophyta或Stramenopiles)

囊泡蟲總門(Alveolata)

某些群體，例如纖毛蟲與水霉, 已經(jīng)喪失了光能合成能力，但囊泡藻界生物大多數(shù)是自養(yǎng). 所有能光能合成的囊泡藻界生物使用葉綠素a 與 c, 許多還使用輔助色素. 囊泡藻界生物使用類似的甘油醛-3-磷酸去氫酶蛋白質(zhì) 。

早在2005年，就有研究質(zhì)疑囊泡藻界是否是單系群 . 2006年，有評(píng)論論文認(rèn)為真核生物六界系統(tǒng)中缺少很多證據(jù) 。 截至2012年，看來正在形成共識(shí)，把囊泡藻界分為兩個(gè)類別。其中之一包括不等鞭毛門和囊泡蟲總門，并把有孔蟲界也列入，稱之為SAR總?cè)? 另一個(gè)類別包括了隱藻門與定鞭藻門 。 新近的研究把隱藻門與定鞭藻門分開，認(rèn)為前者是SAR總?cè)旱慕忝萌?，后者?yīng)歸入泛植物界 。

大量的名稱用于囊泡藻界內(nèi)部各類別的組合：

Halvaria . 2007年到2008年的研究表明，不等鞭毛門和囊泡蟲總門關(guān)系密切，因此把二者所在的進(jìn)化支稱為Halvaria.

SAR總?cè)?(SAR supergroup). 多孔蟲界最初是與囊泡藻界并列。后來的研究表明多孔蟲界應(yīng)該與不等鞭毛門和囊泡蟲總門有共同的起源。因此，多孔蟲界加上Halvaria，稱作SAR總?cè)?

Hacrobia . 囊泡藻界中的另外兩個(gè)類別,隱藻門與定鞭藻門, 在某些分析中被認(rèn)為是相近的 ，形成了一個(gè)進(jìn)化支被稱為Hacrobia. Hacrobia看來更接近泛植物界 。更早的時(shí)候,湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯就已經(jīng)建議把泛植物界與囊泡藻界合稱為Corticata。如前述，新近的研究把隱藻門與定鞭藻門分開，認(rèn)為前者是SAR總?cè)旱慕忝萌海笳邞?yīng)歸入泛植物界 .

形態(tài)

囊泡藻界沒有非常普遍的共同形態(tài)特征。但其每個(gè)主要子類別都有獨(dú)特的特征, 例如，囊泡蟲總門具有的囊泡(alveoli), 定鞭藻門具有的附著鞭毛(haptonema), 隱藻門具有的噴射體(ejectisome)，不等鞭毛門具有的兩根不等長(zhǎng)的鞭毛。但是這些特征都沒有在囊泡藻界中普遍出現(xiàn)。

僅有的囊泡藻界的共同特征有:

有共同起源的色素體

大多數(shù)細(xì)胞壁都含有纖維素

對(duì)于這樣的非常多樣性的界，很難總結(jié)出其共同特性。

生態(tài)地位

感染了卵菌綱的致病疫霉(Phytophthora infestans)的馬鈴薯.

許多囊泡藻界生物對(duì)生態(tài)系統(tǒng)有巨大的影響，往往是有害的影響。腰鞭毛蟲門產(chǎn)生的赤潮會(huì)導(dǎo)致魚類大量死亡，危害牡蠣的收獲。頂復(fù)門是很多很成功的動(dòng)物寄生蟲.卵菌綱的水霉會(huì)造成嚴(yán)重的植物病害. 實(shí)際上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的愛爾蘭大饑荒.

加利福尼亞的海藻叢.

但是，囊泡藻界的很多物種在生態(tài)系統(tǒng)中發(fā)揮了重要作用。硅藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻產(chǎn)生了大量水下"森林"為海洋生物提供了棲息地與膳食。

囊泡藻界還提供了許多直接供人類使用的產(chǎn)品。褐藻膠用做食品增稠劑，在冰淇淋中常見。硅藻的硅質(zhì)外殼有很多用處，如硅藻土用于過濾，用來做牙膏、做反光油漆。

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