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參見(jiàn)古菌分類表#泉古菌門(mén)(Crenarchaeota)

歷史古菌知識(shí)圖譜查看詳細(xì)關(guān)系圖古菌關(guān)系圖譜新域的誕生古菌最早是在一些極端環(huán)境，如火山溫泉中發(fā)現(xiàn)的。圖為黃石國(guó)家公園的大棱鏡溫泉。在20世紀(jì)的大部分時(shí)間里，原核生物因其生化、形態(tài)和代謝上的一致性被視為分類上的單組生物。在這一時(shí)期，微生物學(xué)家試圖根據(jù)其形狀、細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)以及所消耗的物質(zhì)來(lái)對(duì)微生物進(jìn)行分類。然而，在1965年有一種新方法被提出，即使用生物體的基因序列來(lái)搞清這些生物是如何相關(guān)聯(lián)的。這種方法稱為系統(tǒng)發(fā)育，是今天生物分類所使用的主要方法。古菌給一些溫泉（例如牽?；厝┤玖松！肮偶?xì)菌”這個(gè)概念第一次出現(xiàn)是在1977年，由卡爾·烏斯和喬治·?？怂固岢龅?，原因是它們?cè)?6S核糖體RNA的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)上和其它原核生物的區(qū)別。這兩組原核生物起初被定為古細(xì)菌和真細(xì)菌兩個(gè)界或亞界（當(dāng)時(shí)烏斯與?？怂垢鼉A向于用“總界”一詞）。后來(lái)烏斯認(rèn)為它們是兩支根本不同的生物，于是在1990年重新命名其為古菌和細(xì)菌，...

形態(tài)從衛(wèi)星圖片亦可以看到于阿蒂特蘭湖生長(zhǎng)著大片藍(lán)藻。藻體為單細(xì)胞或群體，或?yàn)榧?xì)胞成串排列組成藻絲狀的絲狀體，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛，不產(chǎn)游動(dòng)細(xì)胞，一部分絲狀種類能伸縮或左右擺動(dòng)；細(xì)胞壁缺乏纖維素，由肽聚糖組成，壁外常形成膠質(zhì)鞘；無(wú)真正細(xì)胞核，核的組成物質(zhì)集于細(xì)胞中央，無(wú)核膜及核仁；細(xì)胞內(nèi)除含有葉綠素和類胡蘿卜素外，尚含有藻藍(lán)素，部分種類含藻紅素；色素不包在質(zhì)體內(nèi)，而分散在細(xì)胞質(zhì)的邊緣，藻體因所含色素種類和多寡而呈現(xiàn)不同的顏色。分類和細(xì)菌同屬原核生物界，無(wú)膜狀胞器，體內(nèi)作用易互相干擾。分布藍(lán)菌主要分布在含有機(jī)質(zhì)較多的淡水中，部分生于海水中、潮濕和干旱的土壤或巖石上、樹(shù)干和樹(shù)葉上，溫泉中、冰雪上，甚至在鹽鹵池、巖石縫中都可以發(fā)現(xiàn)藍(lán)菌；有些還可穿入鈣質(zhì)巖石或介殼中（如穿鈣藻類）或土壤深層中（如土壤藍(lán)藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生于植物體內(nèi)形成內(nèi)生植物，少數(shù)種類能生活于85℃以上的溫...

一般特征大多數(shù)醫(yī)學(xué)或經(jīng)濟(jì)上的放線菌亞綱的重要作用，都離不開(kāi)放線菌目。在許多這一目的細(xì)菌中，只有鏈霉菌屬是值得注意的抗生素來(lái)源。在那些放線菌亞綱而不是放線菌目的細(xì)菌中，加德納菌是受到研究最多的細(xì)菌之一。加德納菌的醫(yī)學(xué)分級(jí)是有爭(zhēng)議的，而且醫(yī)學(xué)主題詞把它分類為既是革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌也是革蘭氏陰性細(xì)菌的生物。放線菌亞綱，尤其是鏈霉菌屬，被公認(rèn)為是許多醫(yī)學(xué)上對(duì)于人類有用的生物活性代謝物的制造者，例如抗細(xì)菌藥物、抗真菌藥物、抗血栓藥、免疫調(diào)節(jié)劑、抗腫瘤藥和酶抑制劑；在農(nóng)業(yè)上，它的用途包括殺蟲(chóng)劑、除草劑、殺菌劑和動(dòng)植物生長(zhǎng)促進(jìn)劑。醫(yī)學(xué)上重要的放線菌來(lái)源的抗生素包括氨基糖甙類藥物、蒽環(huán)類藥物、氯霉素、大環(huán)內(nèi)酯類藥物、四環(huán)素類藥物等等。鏈霉菌屬和其他放線菌屬生物主要有助于土壤的生物緩沖作用并在作物生產(chǎn)的有機(jī)物分解導(dǎo)電中扮演著一定作用。系統(tǒng)發(fā)生為大多數(shù)人所接受的分類是以以系統(tǒng)命名法命名的原核生物名單（LPSN）和...

分類厚壁菌門(mén)原來(lái)分為三個(gè)綱：厭氧的梭菌綱、兼性或者專性好氧的芽孢桿菌綱，和沒(méi)有細(xì)胞壁的柔膜菌綱。在系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)上前兩類顯示出并系群或者復(fù)系群的特征。因此它們的分類有待進(jìn)一步研究，例如柔膜菌綱，有研究認(rèn)為應(yīng)該放在另外一個(gè)門(mén)，但也有其他研究認(rèn)為應(yīng)該留在這個(gè)門(mén)。以下為本門(mén)當(dāng)中比較著名的屬及其所屬的綱目：芽孢桿菌綱（Bacilli）梭菌綱（Clostridia）丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）NegativicutesThermolithobacteria柔膜菌綱（Mollicutes）參見(jiàn)細(xì)菌分類表#厚壁菌門(mén)(Firmicutes)革蘭氏陽(yáng)性菌